Na świecie
JRS zostało założone w listopadzie 1980 roku przez o. Pedro Arrupe SJ (1907-1991), ówczesnego Przełożonego Generalnego Towarzystwa Jezusowego, aby odpowiedzieć na trudną sytuację wietnamskich uchodźców uciekających ze zniszczonej wojną ojczyzny.
Po zakończeniu wojny w Wietnamie w 1975 r. setki tysięcy Wietnamczyków z południa opuściło swoje domy i wypłynęło na przepełnionych łodziach przez Morze Południowochińskie. Wielu nie przeżyło podróży; zostali zabici przez piratów lub utonęli z powodu sztormów i wzburzonego morza. O. Arrupe poczuł się poruszony do działania. Wezwał jezuitów, aby „przynajmniej ulżyli tej tragicznej sytuacji”.
O. Arrupe napisał w sprawie zaistniałego kryzysu do ponad 50 prowincji jezuickich, uznając, że jezuici, liczący wówczas 27 000 mężczyzn na całym świecie, byli dobrze przygotowani do koordynowania ogólnoświatowej pomocy humanitarnej. Gdy w Ameryce Środkowej i Łacińskiej, Europie Południowo-Wschodniej i w całej Afryce wybuchły konflikty, JRS szybko się rozrosło – od pomagania Wietnamczykom w kilku obozach w Azji Południowo-Wschodniej do pracy z uchodźcami na całym świecie.
Prawie 20 lat po założeniu JRS, 19 marca 2000 roku (w Uroczystość św. Józefa), JRS została oficjalnie zarejestrowana jako fundacja Państwa Watykańskiego. Obecnie JRS posługuje w blisko 60 krajach na całym świecie.
W Polsce
Prowincja Wielkopolsko-Mazowiecka Towarzystwa Jezusowego w Polsce rozpoczęła działalność na rzecz migrantów i uchodźców w roku 2012, kiedy francuskojęzyczni uchodźcy z Afryki zapukali do drzwi naszego domu zakonnego przy ul. Narbutta w Warszawie. Wszystko zaczęło się od udostępnienia im pokoju z komputerem i dostępem do internetu oraz dzbanka do gotowania wody. Oprócz podstawowej pomocy materialnej, którą starano się im zapewnić, okazało się, że największą trudnością przybyłych osób był brak znajomości języka polskiego, który zwłaszcza w tamtych latach zupełnie uniemożliwiał funkcjonowanie w naszym kraju. Zaczęto więc organizować kursy j. polskiego. Z czasem doszły konsultacje prawne i spotkania integracyjne. Grupa uchodźców w Warszawie stale powiększała się, obejmując z czasem prawie wszystkie kontynenty. Inicjatywę sformalizowano i powołano Jezuickie Centrum Społeczne (JCS) W Akcji. Na jego bazie w 2022 po wybuchu pełnoskalowej wojny na Ukrainie utworzono Fundację Jesuit Refugee Service Poland – Jezuicka Służba Uchodźcom w Polsce, która stanowi część światowej Federacji JRS.